Untuk mendukung pernyataan visi sebagaimana disebutkan di atas, BPBD Provinsi Jawa Timur mengemban misi sebagai berikut:
1. Meningkatkan kemampuan kelembagaan pemerintah serta partisipasi masyarakat dalam penanggulangan bencana di Jawa Timur.
2. Meningkatkan sarana dan prasarana pelaksanaan, koordinasi dan komando dalam penanggulangan bencana.
3. Meminimalkan korban jiwa dan kerugian harta benda akibat terjadinya bencana.